Module « Algorithmique pour la bioinformatique »
Volume horaire
- 18 heures de cours magistral.
- 10 heures de travaux dirigés.
Description du module
Après des rappels de biologie moléculaire, ce cours a pour but de présenter les principaux algorithmes d'alignement de séquences et les méthodes avancées d'indexation.
- Rappels de biologie moléculaire (ADN, ARN, protéines).
- Programmes dynamiques.
- Alignement global
- Alignement local.
- Plus long sous-mot commun.
- Alignement d'une séquence avec une banque.
- Principes de BLAST.
- Principes de FASTA.
- Arbres des suffixes.
- Tableau des suffixes.
- Tableau des suffixes étendu.